Pada 28 Ogos 2020 berikutan laporan kesihatan, Abe meletak jawatan, justeru mencetuskan pilihan raya untuk menggantikannya sebagai Perdana Menteri. [15] Abe ialah Perdana Menteri paling lama berkhidmat dalam sejarah politik Jepun. [16]

Selepas memenangi kepimpinan Parti Liberal Demokratik (LDP) yang memerintah, Ketua Setiausaha Kabinet Yoshihide Suga, sekutu rapat pendahulunya, telah dipilih sebagai perdana menteri Jepun ke-99 oleh Diet Kebangsaan pada 16 September 2020. [17] Beliau menjadi perdana menteri pertama yang dilantik oleh Maharaja Naruhito di Istana Imperial Tokyo. Tanggapan Suga terhadap novel coronavirus pandemik, seperti yang dikritik oleh arkitek program pelancongan GoTo kerana membantu virus itu merebak, [18] bersama-sama dengan bilangan kes yang tinggi pada April 2021 menjelang Sukan Olimpik Tokyo sejak itu telah menjejaskan persepsi pentadbirannya secara negatif. [19] Pada 2 September 2021, Suga mengumumkan bahawa beliau tidak akan dilantik semula sebagai Presiden LDP, dengan berkesan menamatkan penggalnya sebagai Perdana Menteri. [20] Pada 4 Oktober 2021, Fumio Kishida memegang jawatan sebagai perdana menteri baharu. Kishida dipilih sebagai ketua Parti Liberal Demokratik (LDP) yang memerintah minggu sebelumnya. Beliau secara rasmi disahkan sebagai perdana menteri ke-100 berikutan undian parlimen dengan pelantikan oleh Maharaja Naruhito di Istana Imperial Tokyo. [21] Pada 31 Oktober 2021, Parti Liberal Demokratik (LDP) yang memerintah memegang majoriti parti tunggalnya dalam pilihan raya umum. [22] [23]

Pada 8 Julai 2022, Bekas Perdana Menteri Shinzo Abe ditembak dan dibunuh pada perhimpunan kempen di Nara untuk pemilihan Dewan Majlis Jepun 2022. [24] Pengebumian negeri Abe telah diadakan pada 27 September di Nippon Budokan . [25]